محوّل DNA خام مجاني
حوّل بيانات 23andMe الخام لـ VCF
ملف الـ VCF يسمّي الحرف المرجعي عند كل موقع، وملف 23andMe ما يحمله. هذا المحوّل ياخذه من قائمتنا اللي فيها 2.17 مليون موقع معروف، مرجع GRCh37 لكل واحد فيها، ويكتب لك VCF لشخص واحد فيه كل صف شريحة موجود بالقائمة. الصفوف اللي مو موجودة تنحذف وتتحسب بدل ما نتخرصها.
يشتغل في متصفحك. ملفك ما ينرفع أبدًا، ما فيه حساب، ومجاني. نحسب إن التحويل اشتغل، والصيغتين والنتيجة، بس أبدًا ما نحسب الملف نفسه أو اسمه أو أي نمط جيني.
اختر ملف DNA الخام أو اسحبه هنا
.txt · .csv · .zip · .vcf · .vcf.gz · .ped + .map · .bam + .bai
شغّل التحليل الكامل على هالملف
تقرير DNA المجاني يقرأ نفس الملف عشان الأصول في 15 منطقة حول العالم، الصفات، جينات الأدوية، والخطين العائليين. قصة DNA تفتح لك على طول بدون حساب؛ التقرير الكامل يفتح بعد كود يرسل لإيميلك.
وش يسوي المحوّل
- يقرا ملفك بنفس طريقة التقرير المجاني في /dna، فأي ملف /dna يقراه، هذا يقراه: .txt و.csv و.zip و.vcf و.vcf.gz، بما فيها الملفات المضغوطة اللي يكتبها bcftools وGATK.
- يكتب نفس الجينوتايب بالتنسيق اللي تختاره: نفس ترتيب الأعمدة، والفواصل، وعلامات التنصيص، وأسماء الكروموسومات، ورموز الـ no-call اللي تستخدمها كل شركة في تحميلاتها. السطر الأول يسمّي التنسيق ويوضح إن الملف محوّل، عشان ما أحد يحسبه تصدير أصلي من الشركة.
- ما يغير أي جينوتايب أبدًا. الـ no-calls تبقى كما هي، وأي موقع ما نقدر نقراه يتخطاه ونعدّه.
- إحداثيات GRCh38 تقدر تننقل لـ GRCh37 بخريطة Ensembl، في متصفحك. ملف الشريحة يصير VCF على GRCh37 بالحروف المرجعية من قائمة الـ 2.17 مليون موقع معروف عندنا؛ السطور اللي برا القائمة تنترك وتنعد، وما نخمّن أبدًا.
- ملف BAM للجينوم الكامل (مع فهرس .bai حقه) يُقرأ في متصفحك بعد: نمطك الجيني يتحدد في تقريبًا مليوني موقع معروف ويُكتب كـ VCF أو بأي صيغة شريحة.
أسئلة
كيف أحوّل بيانات 23andMe الخام لـ VCF؟
اسحب ملف البيانات الخام على healthosx.com/dna/convert/23andme-to-vcf. يكتب لك GRCh37 VCF في متصفحك، والحرف المرجعي لكل صف ياخذه من قائمة فيها 2.17 مليون موقع معروف، ويحذف الصفوف اللي مو بالقائمة بدل ما يخمّن (لأن الحرف المرجعي المخمّن يخلي الأدوات الثانية تقرأ الـ VCF غلط). يشتغل كمان مع ملفات AncestryDNA وMyHeritage وFamilyTreeDNA وLiving DNA. لكل صف في أي شريحة، bcftools convert --tsv2vcf مع جينوم مرجعي GRCh37 يسويها على جهازك. مجانًا، بدون حساب، وما يرفع شي أبدًا.
أقدر أحوّل بيانات 23andMe الخام لـ VCF؟
إيه، لكل موقع في قائمة الـ 2.17 مليون موقع معروف عندنا. كل سطر VCF يسمّي الحرف المرجعي في موقعه، وهذا شي ما يحمله ملف الشريحة، فالمحوّل ياخذه من القائمة (مرجع GRCh37 في كل موقع) ويترك السطور اللي مو فيها بدل ما يخمّن. في ملف AncestryDNA v2 هذا تقريبًا 95% من السطور. ولكل سطر في أي شريحة، أمر bcftools convert --tsv2vcf مع جينوم مرجعي GRCh37 يسوي نفس الشي على جهازك.
أقدر أحوّل ملف BAM إلى VCF؟
أيوا، في المواقع المعروفة. اسحب ملف .bam وفهرسه .bai على healthosx.com/dna/convert/bam-to-vcf: متصفحك يقرأ القراءات ويحدد نمطك الجيني في تقريبًا مليوني SNP معروف (كل موقع تقرأه شرائح المستهلكين والتقارير المجانية)، مع الحرف المرجعي من الجينوم المرجعي، ويكتب لك VCF على GRCh37 أو GRCh38. هذا مو استدعاء متغيّرات للجينوم كامل: عشان كل متغيّر نادر، والـ indels، والمتغيّرات الهيكلية، شغّل GATK أو DeepVariant أو bcftools على ملف BAM كامل. مجانًا، بدون حساب، وملف BAM ما يترفع أبدًا.
يقدر يحوّل من GRCh38 إلى GRCh37؟
أيوا، لصيغ الشرائح وPLINK. الإحداثيات تنتقل بخريطة GRCh38-to-GRCh37 من Ensembl داخل متصفحك، والحروف تنعكس لو الخريطة قطعت سلاسل مختلفة، وأي موقع ما له تطابق واحد واضح في GRCh37 يُترك ولا نتوقعه. ومخرجات VCF تبقى على نفس البناء اللي جت فيه، لأن VCF محوّل يحتاج الحروف المرجعية لـ GRCh37.
التحويل يغيّر أنماطي الجينية؟
لا. الحروف تُنسخ مثل ما هي في ملفك، والمواقع اللي ما لها قراءة تبقى كذا. اللي يتغير هو التنسيق بس، والإحداثيات لو اخترت GRCh37.
ملف DNA حقي يترفع؟
لا. الملف يُقرأ ويُحوّل في متصفحك، والتحميل يصير على جهازك. خريطة GRCh38-to-GRCh37 هي الشي الوحيد اللي ينزل، من هذا الموقع، وبس إذا اخترتها أنت.
ليش صيغة FamilyTreeDNA ما فيها ترويسة؟
لأن ملف FamilyTreeDNA نفسه ما فيه: أول سطر عنده هو أسماء الأعمدة، والبرامج تتعرف عليه كذا. باقي الصيغ تبدأ بسطور تعليقات تقول إن الملف محوّل وعلى أي بناء جينوم.